Полная версия
69
Fyodor Urnov in Human Nature (2019), https://wondercollaborative.org/human-nature-documentary-film/.
70
В 2020 г. группа Ротема Сорека из Научного института Вейцмана в Израиле сообщила о новой дополнительной бактериальной антифаговой системе защиты, называемой ретронами.
71
CSHL Leading Strand, "CSHL Keynote, Dr Blake Wiedenheft, Montana State University," YouTube video, 21:21, last viewed June 26, 2020, https://www.youtube.com/watch?v=2x5VoReHV_4&t=.
72
Аббревиатура PAM расшифровывается как «мотив, смежный с протоспейсером» (от англ. Protospacer Adjacent Motif). Различные ферменты Cas распознают разные PAM, от трех до шести оснований. Наиболее часто используемая Cas9 из Streptococcus pyogenes распознает триплетную последовательность NGG, где N может быть любым из четырех оснований.
73
F. Jiang and J. A. Doudna, "CRISPR-Cas9 Structures and Mechanisms," Annual Review of Biophysics 46, (2017): 505–529, https://www.annualreviews.org/doi/full/10.1146/annurev-biophys-062215–010822.
74
Cas9 фактически имеет два активных сайта, обеспечивающих два отдельных процесса расщепления – по одному для каждой цепи двойной спирали.
75
HHMI BioInteractive, "CRISPR-Cas9 Mechanism & Applications," https://www.biointeractive.org/classroom-resources/crispr-cas-9-mechanism-applications.
76
M. Shibata et al., "Real-space and real-time dynamics of CRISPR-Cas9 visualized by highspeed atomic force microscopy," Nature Communications 8, (2017): 1430, https://www.nature.com/articles/s41467–017–01466–8.
77
D. Lawson Jones et al., "Kinetics of dCas9 target search in Escherichia coli," Science 357, (2017): 1420–1424, https://science.sciencemag.org/content/357/6358/1420?.
78
Andrew Wood, phone interview, August 28, 2019.
79
Rodolphe Barrangou, "CRISPR-Cas: From Bacterial Adaptive Immunity to a Genome Editing Revolution," XBio, September 2019, https://explorebiology.org/summary/genetics/crispr-cas:-from-bacterial-adaptive-immunity-to-a-genome-editing-revolution
80
ZNF (zinc finger nuclease) – цинк-пальцевая нуклеаза; TALEN (transcription activator-like effector nuclease) – эффекторная нуклеаза, подобная активатору транскрипции (см. главу 8).
81
S. Hwang and K. L. Maxwell, "Meet the Anti-CRISPRs: Widespread Protein Inhibitors of CRISPR-Cas Systems," The CRISPR Journal 2, (2019): 23–30, https://www.liebertpub.com/doi/full/10.1089/crispr.2018.0052.
82
M. Adli, "The CRISPR tool kit for genome editing and beyond." Nature Communications 9, (2018): 1911, https://www.nature.com/articles/s41467–018–04252–2.
83
Это никогда не станет популярным, но Патрик Харрисон, генетик из Тринити-колледжа в Дублине, предложил по-другому расшифровать CRISPR – как мнемокод, объясняющий процесс редактирования/восстановления: Cut-Resect-Invade-Synthesis-Proofread-Repair (Разрез-удаление-вставка-синтез-проверка-восстановление). На передаче Last week Tonight комик Джон Оливер предложил свое собственное, более дерзкое определение: Crunchy-Rectums-In-Sassy-Pink-Ray-Bans (Хрустящая-прямая кишка-в-стильных-розовых-солнцезащитных-очках).
84
P. T. Harrison and S. Hart, "A beginner's guide to gene editing," Experimental Physiology 103, (2018): 439–448, https://physoc.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1113/EP086047.
85
Jennifer Doudna, Keystone Symposium, Banff, Canada, February 9, 2020.
86
Fyodor Urnov, "Genome Engineering," Keystone Symposium, Victoria Island, Canada, February 21, 2019.
87
Francisco Mojica, interview, Santa Pola, Spain, May 1, 2018.
88
Ed Yong, "The Unique Merger That Made You (and Ewe, and Yew)," Nautilus, February 6, 2014, http://nautil.us/issue/10/mergers-acquisitions/the-unique-merger-that-made-you-and-ewe-and-yew.
89
Manuel Ansede, "Francis Mojica, de las salinas a la quiniela del Nobel," El País, May 18, 2017, https://elpais.com/elpais/2017/05/18/eps/1495058731_149505.html.
90
F. J. M. Mojica et al., Transcription at different salinities of Haloferax mediterranei sequences adjacent to partially modified PstI sites. Molecular Microbiology 9, (1993): 613–621.
91
Термин CRISPR был введен только в 2001 г. Хотя истинного значения открытия Мохики, сделанного в 1993 г., в то время еще не понимали, через 25 лет эта дата будет увековечена на киноэкранах IMAX по всему миру в качестве вступительных титров фильма «Рэмпейдж».
92
Повторы CRISPR не имеют ничего общего с адаптацией к солености. «Это все еще загадка!» – говорит Мохика. Пока он не получил финансирования для дальнейшего изучения вопроса.
93
Йосизуми Исино – профессор Университета Кюсю. Он изучает репарацию ДНК у термофильных архей и ищет новые CRISPR.
94
Y. Ishino et al., "Nucleotide sequence of the iap gene, responsible for alkaline phosphatase isozyme conversion in Escherichia coli, and identification of the gene product," Journal of Bacteriology 169, (1987): 5429–5433, https://jb.asm.org/content/jb/169/12/5429.full.pdf.
95
F. J. M. Mojica et al., "Long stretches of short tandem repeats are present in the largest replicons of the Archaea Haloferax mediterranei and Haloferax volcanii and could be involved in replicon partitioning," Molecular Microbiology 17, (1995): 85–93, DOI: 10.1111/j.1365–2958.1995.mmi_17010085.x.
96
Clara Rodriguez Fernandez, "Interview with Francis Mojica, the Spanish scientist that [sic] discovered CRISPR," Labiotech, November 13, 2017, https://labiotech.eu/francis-mojica-crispr-interview/.
97
B. Masepohl et al., "Long tandemly repeated repetitive (LTRR) sequences in the filamentous cyanobacterium Anabaena sp. PCC 7120," Biochimica et Biophysica Acta 1307, (1996): 26–30, https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/0167478196000401.
98
K. S. Makarova et al., "A DNA repair system specific for thermophilic Archaea and bacteria predicted by genomic context analysis," Nucleic Acids Research 30, (2002): 482–496, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC99818/.
99
K. Davies and F. Mojica, "Crazy About CRISPR: An Interview with Francisco Mojica," The CRISPR Journal 1, (2018): 29–33, https://www.liebertpub.com/doi/10.1089/crispr.2017.28999.int.12.
100
Из того же источника.
101
Molly Campbell, "Francisco Mojica: The Modest Microbiologist Who Discovered and Named CRISPR," Technology Networks, October 14, 2019, https://www.technologynetworks.com/genomics/articles/francis-mojica-the-modest-microbiologist-who-discovered-and-named-crispr-325093.
102
K. Davies and F. Mojica, "Crazy About CRISPR: An Interview with Francisco Mojica," The CRISPR Journal 1, (2018): 29–33, https://www.liebertpub.com/doi/10.1089/crispr.2017.28999.int.
