Introduces readers to core algorithmic techniques for next-generation sequencing (NGS) data analysis and discusses a wide range of computational techniques and applications This book provides an in-depth survey of some of the recent developments in NGS and discusses mathematical and computational challenges in various application areas of NGS technologies. The 18 chapters featured in this book have been authored by bioinformatics experts and represent the latest work in leading labs actively contributing to the fast-growing field of NGS. The book is divided into four parts: Part I focuses on computing and experimental infrastructure for NGS analysis, including chapters on cloud computing, modular pipelines for metabolic pathway reconstruction, pooling strategies for massive viral sequencing, and high-fidelity sequencing protocols. Part II concentrates on analysis of DNA sequencing data, covering the classic scaffolding problem, detection of genomic variants, including insertions and deletions, and analysis of DNA methylation sequencing data. Part III is devoted to analysis of RNA-seq data. This part discusses algorithms and compares software tools for transcriptome assembly along with methods for detection of alternative splicing and tools for transcriptome quantification and differential expression analysis. Part IV explores computational tools for NGS applications in microbiomics, including a discussion on error correction of NGS reads from viral populations, methods for viral quasispecies reconstruction, and a survey of state-of-the-art methods and future trends in microbiome analysis. Computational Methods for Next Generation Sequencing Data Analysis: Reviews computational techniques such as new combinatorial optimization methods, data structures, high performance computing, machine learning, and inference algorithms Discusses the mathematical and computational challenges in NGS technologies Covers NGS error correction, de novo genome transcriptome assembly, variant detection from NGS reads, and more This text is a reference for biomedical professionals interested in expanding their knowledge of computational techniques for NGS data analysis. The book is also useful for graduate and post-graduate students in bioinformatics.


программы

Computational Methods for Next Generation Sequencing Data Analysis

Bioinformatics Algorithms

любовные романы

фэнтези

учебная и научная литература

современная русская литература

современные любовные романы

современная зарубежная литература

детективы

об истории серьезно

приключения

книги о приключениях

ужасы / мистика

учебники и пособия для вузов

cтихи, поэзия

книги по психологии

стихи и поэзия

гуманитарные и общественные науки

русская классика

мистика

боевики, остросюжетная литература

публицистическая литература

«…Музыкантов было восемь человек. Главе их, Гурию Максимову, было заявлено, что если музыка не будет играть неумолкаемо, то музыканты не увидят ни одной рюмки водки и благодарность за труд получат с великой натяжкой. Танцы начались ровно в восемь часов вечера. В час ночи барышни обиделись на кавалеров; полупьяные кавалеры обиделись на барышень, и танцы расстроились. Гости разделились на группы…»

Корреспондент

«… Занимающиеся спиритизмом имеют весьма естественное желание самостоятельно вступить в общение с духами. Это сочинение предназначено облегчить их труд, доставив им возможность воспользоваться плодами наших долгих и постоянных занятий, потому что весьма ошибаются те, кто думают, что достаточно уметь положить пальцы на стол с целью заставить его двигаться или держать карандаш, который должен писать, чтобы оказаться опытным в этом деле. Равно ошибаются и те, кто полагают найти в этой книге точное и непреложное правило создания медиумов. &lt;…&gt; Правила поэзии, живописи и музыки не делают ни поэтов, ни живописцев, ни музыкантов из тех, кто не имеют таланта; они только направляют природные способности. То же самое можно сказать и в отношении нашего сочинения: его предмет заключается лишь в том, чтобы указать средства к развитию медиумической способности настолько, насколько позволяют природные средства каждого, и в особенности дать полезное направление, когда эта способность существует. …» (Из Предисловия)

эзотерика / оккультизм

Книга медиумов

«Это было месяц и два дня спустя после того, как, при громких криках афинского народа, судьи постановили смертный приговор философу Сократу за то, что он разрушал веру в богов. Он был для Афин то же, что овод для коня…»

литература 19 века

Тени

«– А мой драгоценный! Вот встреча, истинный подарок, право! Куда путешествуете?
– Да я просто вышел послоняться немного. – Так зайдемте же ко мне. Не откажите хоть теперь, вас поймать нелегко. Вы, если не ошибаюсь, даже не были у меня в нынешнем жилище моем, не видели ларов моих и пенатов, как говаривали поэты наши, лет двадцать или тридцать. А помните ли вы это время? Да где вам! Вы уж составляете другое поколение, вы молодец в сравнении, с нами, старичками… а согласитесь, пора была замечательная во многих отношениях. Сколько проснулось тут юных сил! Сколько воспрянуло истинно родных чувств, горячих, благородных…»

Фокусник

старинная литература

Воспитанница

«– Кар-раул! режут! Ба-атюшки, спасите! Смерть моя пришла – ой-ой-ой! – такими неистовыми воплями в один из самых пленительных майских вечеров внезапно огласился дом, в котором жил я весною нынешнего года. Вопли, разумеется, произвели желаемое действие, ибо во дворе тотчас же поднялась самая невообразимая суматоха: тотчас же забегали по лестнице разные жильцы, затем засновали те же жильцы по двору, одни звали на помощь полицию, другие просто кричали неизвестно что, лишь бы только кричать хоть что-нибудь, третьи в смущении толклись на одном месте, разводили руками и бросали глазами по окнам – словом, все население дома пришло в великое движение, обрадовалось удобному для того случаю…»

Пламенная любовь

«По кочковатому полю, поросшему мелкой, негодной травой, медленно шел мужчина средних лет, в золотых очках. Солнце было на закате и отбрасывало длинные, узкие тени от чахлой ольхи, возвышавшейся кое-где по краям поля, и от высокой фигуры мужчины. Кругом не было ни души; только ястреб, широко расставив крылья, попискивал в вышине да ворона сидела на кочке и с меланхолическим удивлением смотрела на человека. Казалось, и сам Иван Александрович, врач одной из городских больниц, тоже был немало удивлен своим присутствием в глухом месте: он приостанавливался, смотрел по сторонам, как бы ища дороги, но никакой дороги не было, а было одно унылое поле, окаймленное вдали едва заметной черточкой леса. Через несколько минут Иван Александрович дошел до опушки и в изнеможении опустился на траву. Худощавое лицо его с остроконечной бородкой и морщинами у переносья было злое и расстроенное, воспаленные, сухие глаза хмуро косились из-под очков, а губы судорожно подергивались от несдерживаемого волнения…»

Котел

Полная версия

Computational Methods for Next Generation Sequencing Data Analysis

Другие книги автора